Im Jahr 1320 erhielt Aagtekerke die erste eigene Kirche, die der heiligen Agatha geweiht wurde. Seit der Reformation gehört Sie zur vereinigten niederländisch protestantischen Kirche. Der Kirchturm der spätgotischen Kirche ist vom Anfang des 15. Jahrhunderts und das Schiff entstand während der Renovierungim Jahre 1625.Diese war auf Grund der Zerstörung während der Belagerung von Middelburg von 1572 bis 1574 notwendig. Der Chor wurde hierbei durch eine Sakristei ersetzt.Im 18. Jahrhundert wurden große Teile des Kirchturm mit den in dieser Zeit üblichen Ziegeln verkleidet.
Im Innenraum ist eine Kanzel aus dem Jahr 1625 und eine Gedenktafel von Rombout Verhulst aus dem Jahr 1669 für Hendrick Thibaut, der Amtsherr von Aagtekerke und Bürgermeister von Middelburg war. Im 19. Jahrhundert an die Kirche ein Schulgebäude angebaut. Dies wurde ab 1905 als Rathaus genutzt und ist seit 1966 eine Bibliothek.
Die Kirche kann im Sommer Samstags nachmittags besichtigt werden.